Ранее предельный возраст для службы в СК составлял 65 лет, но руководители следственных органов могли продлить его до 70 лет. В сентябре Путин предложил законопроект, который позволил продлить срок службы Бастрыкина на год сверх установленного предела. Документ был одобрен обеими палатами парламента и впоследствии подписан президентом с целью «совершенствования отдельных положений прохождения службы» в Следкоме.

С 2001 года Бастрыкин возглавлял главное управление Минюста по Северо-Западному федеральному округу, а затем стал начальником главного управления МВД по Центральному федеральному округу. В октябре 2006 года он назначен заместителем генпрокурора, когда эту должность входил в Совет по противодействию коррупции при президенте.

В июне 2007 года Бастрыкин стал первым заместителем генпрокурора и председателем Следкома при прокуратуре России. В октябре 2010 года он назначен исполняющим обязанности председателя СК, а с 14 января 2011 года занимает пост главы Следкома.